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中國疾病預防控制中心精神衛生中心
2002年6月7日，衛生部批準中國疾病預防控制中心下設精神衛生中心，設在北京大學精神衛生研究所。2002年10月30日，中國疾病預防控制中心精神衛生中心在北京大學精神衛生研究所正式掛牌。
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青島市疾病預防控制中心
青島市疾病預防控制中心是市衛生局直屬的承擔疾病預防與控制、檢測檢驗與評價、健康教育與促進、應用研究與指導、技術管理與服務等的專業技術機構。在市政府衛生行政部門領導下，組織實施全市衛生防病工作的技術保障部門，同時承擔對區（市）疾病預防控制機構的業務指導、考核和技術示范職能。
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廣西壯族自治區疾病預防控制中心
廣西壯族自治區疾病預防控制中心（簡稱廣西CDC）是根據廣西壯族自治區人民政府桂政辦發[2001]91號文、桂編[2000]99號和桂編[2002]8號文的要求，在原廣西壯族自治區衛生防疫站、廣西壯族自治區寄生蟲病防治研究所（分別成立于1954、1958年）和廣西壯族自治區健康教育所（成立于1959年）的基礎上，于2001年8月正式重新組建的正處級全民公益性衛生事業單位，同時經廣西壯族自治區編委批準增掛“廣西壯族自治區衛生監測檢驗中心”、“廣西預防醫學研究所”牌子，并保留“廣西壯族自治區健康教育所”牌子。
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沈陽市疾病預防控制中心
沈陽市疾病預防控制中心是在原沈陽市衛生防疫站基礎上組建的。沈陽市衛生防疫站成立于1952年，是全國最早建立的市級衛生防疫站機構之一，1998年成為全國省會市級一等站。2002年1月經機構重組，沈陽市疾病預防控制中心成立。
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武漢市疾病預防控制中心
武漢市疾病預防控制中心是負責武漢地區疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導的公益性事業單位。
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東莞市疾病預防控制中心
東莞市疾病預防控制中心是在原東莞市衛生防疫站的基礎上于2002年12月重新組建的副處級事業單位，并增掛東莞市衛生檢驗中心和東莞市健康教育所牌子。
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中國疾病預防控制中心麻風病控制中心
中國疾病預防控制中心麻風病控制中心（以下簡稱“麻風中心”）座落在江蘇省南京市紫金山北麓，前身為1954年在北京成立的“中央皮膚性病研究所”（即現在的“中國醫學科學院中國協和醫科大學皮膚病醫院（研究所）”，以下簡稱“醫科院皮研所”），直屬衛生部領導，重點承擔指導全國性病防治任務。
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大連市疾病預防控制中心
大連市疾病預防控制中心是在衛生體制改革中于2002年2月6日在原大連市衛生防疫站、市勞動衛生研究所、市健康教育中心的基礎上組建的新型綜合性疾病預防控制機構，擔負著疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導的七大職能。
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