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沈陽市疾病預防控制中心
沈陽市疾病預防控制中心是在原沈陽市衛生防疫站基礎上組建的。沈陽市衛生防疫站成立于1952年，是全國最早建立的市級衛生防疫站機構之一，1998年成為全國省會市級一等站。2002年1月經機構重組，沈陽市疾病預防控制中心成立。
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武漢市疾病預防控制中心
武漢市疾病預防控制中心是負責武漢地區疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導的公益性事業單位。
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東莞市疾病預防控制中心
東莞市疾病預防控制中心是在原東莞市衛生防疫站的基礎上于2002年12月重新組建的副處級事業單位，并增掛東莞市衛生檢驗中心和東莞市健康教育所牌子。
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中國疾病預防控制中心麻風病控制中心
中國疾病預防控制中心麻風病控制中心（以下簡稱“麻風中心”）座落在江蘇省南京市紫金山北麓，前身為1954年在北京成立的“中央皮膚性病研究所”（即現在的“中國醫學科學院中國協和醫科大學皮膚病醫院（研究所）”，以下簡稱“醫科院皮研所”），直屬衛生部領導，重點承擔指導全國性病防治任務。
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大連市疾病預防控制中心
大連市疾病預防控制中心是在衛生體制改革中于2002年2月6日在原大連市衛生防疫站、市勞動衛生研究所、市健康教育中心的基礎上組建的新型綜合性疾病預防控制機構，擔負著疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導的七大職能。
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北京市疾病預防控制中心
北京市疾病預防控制中心、北京市預防醫學研究中心是根據國務院關于衛生監督、衛生防病體制改革的總體要求，在北京市衛生防疫站，北京市勞動衛生與職業病防治研究所、北京市健康教育所、北京市性病防治所的基礎上，于2000年6月正式組成的市級衛生事業單位。
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中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所
傳染病預防控制所（以下簡稱傳染病所）是中國疾病預防控制中心領導下的國家級傳染病預防控制專業機構，是全國傳染病預防控制業務技術指導中心。
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